Dr. Cholnoky Jenőt, a földrajztudomány magyar vonatkozásban egyik legkiemelkedőbb egyéniségét 1905. februárjában nevezték ki a kolozsvári Ferenc József Tudományegyetem Bölcsészet-, Nyelv- és Természettudományi Karának Egyetemes Földrajznak nevezett tanszékére előadó tanárnak és egyben tanszékvezetőnek. Az erdélyi magyar földrajzi iskola talán soha nem élt át akkora fejlődést, mint a Cholnoky professzor által fémjelzett majdnem másfél évtized alatt. Bár a kolozsvári Földrajzi Intézetet és a Földrajz Tanszéket még 1874-ben hozták létre, és akkoriban ez volt a második ilyen jellegű intézet az országban, ennek első több mint harminc éves történetéből semmi érdemlegeset nem lehet kiemelni, ugyanis Cholnoky elődje sem a kutatás, sem az oktatás szintjén nem felelt meg egy ilyen rangos intézmény elvárásainak. Azokat az állapotokat, melyek a frissen kinevezett egyetemi tanárt fogadták az egyetemen, talán az ő szavaival lehetne a leginkább visszaadni: ”De nemcsak a tanítás színvonala, hanem az úgynevezett Földrajzi Intézet is siralmas állapotban volt. … A tanári szobában volt két igen csinos, keményfa, üveges könyvszekrény … A szekrények ugyanis üresek voltak, csak temérdek ónkupak volt összedobálva az egyikben…A szertárban is voltak szép szekrények, teljesen üresen.…Olyan érintetlen, olyan vadonat új volt a 30 éves térképgyűjtemény, hogy kétségtelenül látható volt, sohasem használták!” (Géczi 1998. 255.)

Cholnoky ekkor 34 éves volt, nem sokkal a kinevezése előtt kapta meg geográfusi doktori oklevelét, valamint magántanári státuszát. Hatalmas lendülettel és kitartással látott neki kolozsvári tevékenységének, dolgozott, tanított, szervezett, tudománynépszerűsítő előadásokat tartott. Megtöltötte a Földrajzi Intézet szekrényeit és szertárait műszerekkel és egy európai színvonalú oktatást valósított meg a kolozsvári tudományegyetemen. Lelkes támogatók segítségével az akkori legnevesebb nemzetközi földrajzi folyóiratokat is megrendelte. Az Intézet szakkönyvtárát több mint 10 000 kötetre bővítette. Ezen kívül létrehozott egy jelentős térkép- és atlaszgyűjteményt, amelynek nagyobbik hányada, meglehetősen rossz állapotban ugyan, de jelenleg is megtalálható az egyetem Földrajz Karán. Javaslatára Kolozsváron az Intézethez tartozó meteorológiai állomást és földrengésjelző állomást hoztak létre, melyek egyszerre rendelkeztek tudományos, valamint egyetemi didaktikai szerepkörrel is.

Cholnoky egyetemi tanári tevékenysége mellett a Kolozsváron eltöltött majdnem másfél évtizedes időszak alatt több más jellegű szerepkört is magára vállalt. Így például főtitkára volt a Budapesten működő Magyar Földrajzi Társaságnak, valamint főszerkesztője a Földrajzi Közleményeknek. Ebből kifolyólag az első, még a világháború előtti, Kolozsvárhoz kötődő időszakban rendszeresen ingázott új munkahelye és Budapest között, útjait éjszaka tette meg vonattal. Hatalmas teherbírását és tenni akarását mutatja, hogy a fárasztó utazások nem hátráltatták munkájában, eredményesen tevékenykedett mindkét helyen. Mindezek mellett Kolozsváron újabb tisztségeket is elvállalt, mert úgy érezte, hogy ez által is hasznosíthatja tudását és szervezői tehetségét. Így például elvállalta az Erdélyi Kárpát Egyesület elnöki tisztségét, valamint ezzel együtt a turistaegyesület nagy hagyományú és ma is létező lapjának, az Erdélynek a szerkesztését is. Számtalan tanulmányutat és kirándulást szervezett, egyrészt az egyetem keretein belül a hallgatóság számára, másrészt az E. K. E. keretein belül a turistaságért és a honismeretért rajongók tábora számára. Ezeken nagy létszámban vettek részt az érdeklődők, ezt a túrákon készült fényképfelvételek tanúsítják. Feltáró és kutató erdélyi geográfusi tevékenysége is jelentős, szenvedélyesen tanulmányozta az Erdélyi Mezőséget, a Keleti és Déli Kárpátokat, az erdélyi karsztvidékeket. Az Erdély déli, hegyek övezte, akkoriban eléggé elszigetelt részében lévő csoklovinai karsztterületen az 1900-as évek elején feltárt és leírt barlangok közül az egyik ma is az ő nevét viseli. Erdélyi tanulmányait több szakcikkben és könyvben is összefoglalta, azonban a tanulmányok közül egy néhány a Kolozsváron eltöltött időszak után jelenhetett meg, ugyanis Cholnokyt 1919 novemberében politikai okokra hivatkozva erőszakkal kiutasították az Erdélyt is magába foglaló Romániából, az egyetemhez kapcsolódó kutatási eredményeit, valamint személyes tárgyainak is egy részét lefoglalták, és sohasem kaphatta vissza.

Mint folyamatosan kutató és állandóan utazó geográfus, kolozsvári egyetemi tanárként sem szakadt ki a nemzetközi tudományos életből. Számos meghívást kapott és közleményeit külföldön is számon tartották. Így például 1910-ben, Stockholmban részt vett egy nemzetközi geológiai kongresszuson, melynek keretén belül egy emlékezetes utazást tett a távoli északon lévő Spitzbergák szigeteire. Két évvel később Teleki Pál társaságában az Amerikai Egyesült Államokba utazott az Amerikai Földrajzi Társaság meghívására, ahol megismerkedhetett és személyes kapcsolatokat létesíthetett a kor legjelentősebb geográfusaival. Ott szerzett tapasztalatait és ismereteit később a kolozsvári oktatás javára tudta fordítani.